1997. godine, Savezni zavod za standardizaciju (SZS) Savezne Republike Jugoslavije i Zavod za standardizaciju i metrologiju Republike Makedonije bili su potpisnici Sporazuma o međusobnoj saradnji. Ovaj sporazum obuhvatao je bilateralnu saradnju u oblasti standardizacije i obezbeđenja kvaliteta da bi se omogućila veća usklađenosti standarda i drugih dokumenata iz oblasti standardizacije, sertifikacije, akreditacije i kvaliteta. U cilju realizacije ovog sporazuma potpisnici su formirali Mešovitu jugoslovensko-makedonsku radnu grupu za saradnju u oblasti standardizacije i kvaliteta.
U skladu sa zaključcima III zasedanja Mešovite jugoslovensko-makedonske komisije za praćenje sprovođenja Sporazuma o trgovini između Savezne vlade Savezne Republike Jugoslavije i Vlade Republike Makedonije formirana je Potkomisija za standardizaciju i metrologiju čiji je zadatak bio da prati aktivnosti na uklanjanju tehničkih prepreka trgovini između dve države. U aprilu 2001. godine, održano je 2. zasedanje navedene Potkomisije za standardizaciju i metrologiju.
Institut za standardizaciju Srbije (ISS) ima dugogodišnju uspešnu saradnju sa Institutom za standardizaciju Severne Makedonije (ISRSM).
Sredinom 2011. godine, Institut za standardizaciju Srbije (ISS) i tadašnji Institut za standardizaciju Republike Makedonije (ISRM), potpisali su Sporazum o bilateralnoj saradnji. Ovaj sporazum odnosio se na otklanjanje tehničkih prepreka u trgovini između Republike Srbije i Republike Makedonije, povećanje nivoa sigurnosti, zaštite zdravlja i života ljudi i životinja, kao i očuvanja životne sredine. Sporazum je zaključen na neodređeno vreme.
Sem toga, Institut za standardizaciju Srbije ostvaruje saradnju sa Institutom za standardizaciju Severne Makedonije (ISRSM) u okviru regionalne inicijative pod nazivom „Balkanska konferencija o standardizaciji“, čiji se sastanci održavaju na godišnjem nivou. Predstavnici najviših rukovodstava nacionalnih organizacija za standardizaciju iz regiona, a među njima predstavnici ISS-a i ISRSM-a, razmenjuju znanja, iskustva i dobru praksu.
Takođe, saradnja između dve nacionalne organizacije za standardizaciju ostvarena je kroz projekat pod nazivom „Regional Consultancy Fund for Quality Infrastructure – South East Europeˮ koji je obuhvatao učešće nacionalnih eksperata, članova nacionalnih organizacija za standardizaciju iz zemalja regiona Zapadnog Balkana i uz pomoć eksperata iz zemalja Evropske Unije podržavao inicijative koje uređuju standarde iz oblasti nadzemnih električnih vodova naizmenične struje, i podsticali su integraciju zemalja zapadnog Balkana u zajedničko tržište Evropske unije (EU). Projekat je započet 2019. godine, a realizacija ovog projekta završila se krajem oktobra 2021. godiine.
Institut za standardizaciju Srbije (ISS) učestvovao je u okviru projekta koji je organizovao DCAF, Ženevski centar za upravljanje sektorom bezbednosti, u saradnji sa Ministarstvom za informaciono društvo i administraciju Republike Severne Makedonije pod nazivom „Dobro upravljanje bezbednošću informacija na Zapadnom Balkanu", na seminaru koji je održan u oktobru ove godine, a na kome su razmatrane releventane teme koje se odnose na sajber bezbednost. Posebna pažnja posvećena je usklađivanju sa EU NIS Direktivom (EU Network and Information Security directive), upravljanju krizama u sajber bezbednosti, zakonskim odredbama o agenciji za sajber bezbednost i o međunarodnom standardu ISO/IEC 27000. O izmenama koje donosi nova verzija ovog standarda govorili su predstavnici Instituta za standardizaciju Srbije (ISS) koji su od organizatora dobili poziv da kao predavači učestvuju na ovom seminaru.