Mikrobiologija lanca hrane – Sekvenciranje celog genoma za tipizaciju i genomsku karakterizaciju bakterija – Opšti zahtevi i smernice
Microbiology of the food chain - Whole genome sequencing for typing and genomic characterization of bacteria - General requirements and guidance (ISO 23418:2022)
Ovim međunarodnim standardom utvrđuju se minimalni zahtevi za generisanje i analizu podataka o sekvenciranju celog genoma (WGS) dobijenih za bakterije prisutne u hrani. Ti zahtevi su primenljivi na bilo koju platformu ili hemijski postupak za sekvenciranje. Ovaj proces može obuhvatati sledeće faze:
a) rukovanje bakterijskim kulturama;
b) izolacija genomske DNK;
c) priprema biblioteke za sekvenciranje, sekvenciranje i procena kvaliteta očitanih sekvenci nativne DNK i njihovog skladištenja;
d) biodinformatička analiza, uključujući metode kao što je analiza jednonukleotidnih polimorfizama visokog kvaliteta (hqSNP), genotipizacija multi-lokusa u jezgru genoma (genomu specifičnom za vrstu) i kompletnog pojedinačnog genoma (cgMLST, wgMLST), i biodinamička validacija protoka informacija;
e) prikupljanje metapodataka i deponovanje u sekvencijalne baze podataka.
Povezane direktive
NAPOMENA: Ukoliko se u polju sa nazivom direktive ne nalazi reč „harmonizovan“ (obeležena zelenom bojom), to znači da evropski standard nije citiran u OJEU.
